Zilverling

ir. Y.J. Kraakman (Yanna)

Promovendus
EEMCS-AM-MOR
Zilverling 4006
y.j.kraakman@utwente.nl
+31534894719
Visitekaartje

Hallo! Als promovenda werk ik aan het project ‘Capturing Higher-Order Interactions in Chemical Reaction Networks’, in samenwerking met promovendus Éverton Fernandes da Cunha en onder begeleiding van dr. Clara Stegehuis en dr. Albert Wang.

Binnen dit project ontwikkelen we een wiskundig methode die kan worden gebruikt om interacties van hogere orde in systemen te modelleren. We richten ons op chemische reactienetwerken, omdat deze systemen van nature interacties van hogere orde vertonen.

Dit project bestaat uit twee delen. Ten eerste onderzoeken we netwerken van hogere orde (gerichte hypergrafen) en ontwikkelen we wiskundige theorieën en methodes die we nodig achten om deze netwerken toe te passen en te analyseren. Ten tweede gebruiken we deze netwerken om chemische reacties te modelleren en het dynamische gedrag van deze reacties te voorspellen. Deze voorspellingen worden geverifieerd in een chemisch laboratorium.

Momenteel werken we aan configuratiemodellen voor gerichte hypergrafen en aan het koppelen van gerichte hypergrafen aan chemische reactienetwerken.

Expertises

  • Mathematics

    • Hypergraphs
    • Chemical Reaction Networks
    • Edge

  • Computer Science

    • Network Property
    • Random Graphs
    • Neural Network

  • Engineering

    • Equilibrium Reaction
    • Reaction Network

Organisaties

Publicaties

2025

Identify structures underlying out-of-equilibrium reaction networks with random graph analysis (2025)Chemical science, 16, 3099-3106. Fernandes da Cunha, É., Kraakman, Y. J., Kriukov, D., van Poppel, T., Stegehuis, C. & Wong, A. S. Y.https://doi.org/10.1039/D4SC05234J

2024

Hypercurveball algorithm for sampling hypergraphs with fixed degrees (2024)[Working paper › Preprint]. ArXiv.org. Kraakman, Y. J. & Stegehuis, C.https://doi.org/10.48550/arXiv.2412.05100Identify structures underlying out-of-equilibrium reaction networks with random graph analysis (2024)[Working paper › Preprint]. ChemRxiv. Fernandes da Cunha, É., Kraakman, Y., Kriukov, D., van Poppel, T., Stegehuis, C. & Wong, A. S. Y.https://chemrxiv.org/engage/chemrxiv/article-details/667c7bd2c9c6a5c07a7826a3Configuration models for random directed hypergraphs (2024)[Working paper › Preprint]. ArXiv.org. Kraakman, Y. & Stegehuis, C.https://arxiv.org/abs/2402.06466Random graph models can determine important species in a Chemical Reaction Network (2024)[Contribution to conference › Poster] CHAINS 2024 (In preparation). Kraakman, Y. J., Fernandes da Cunha, É., Kriukov, D., van Poppel, T., Stegehuis, C. & Wong, A. S. Y.

2023

You can make random uniform directed hypergraphs (2023)[Contribution to conference › Poster] 21st INFORMS Applied Probability Society Conference 2023 (In preparation). Kraakman, Y. & Stegehuis, C.

Onderzoeksprofielen

Vakken collegejaar 2024/2025

Vakken in het huidig collegejaar worden toegevoegd op het moment dat zij definitief zijn in het Osiris systeem. Daarom kan het zijn dat de lijst nog niet compleet is voor het gehele collegejaar.

Adres

Universiteit Twente

Zilverling (gebouwnr. 11), kamer 4006
Hallenweg 19
7522 NH Enschede

Navigeer naar locatie

Organisaties

Scan de QR-code of
Download vCard